制藥生產過程中產生的廢水，污染物濃度高、水量大、組分復雜，廢水中含有大量難生化降解的化學合成物質和殘留藥物成分以及藥物降解中間產物，碳/氮比例不協調，廢水高含氮源并含有大量硫酸鹽以及其他一些鹽類物質等，廢水生化抑制因素復雜，可生化降解性很差。再加上我國醫藥產業集中度低，企業數量多、規模小、結構布局不合理，不同的企業產品種類及生產過程不同，適用的處理工藝也不相同。因此，相對于其他行業，制藥行業無論是廢水污染治理的技術難度，還是治理需要的資金投入都很大。
另外，我國制藥企業的新藥研發能力與發達國家制藥企業相比還存在較大差距，企業缺少具有自主知識產權的高技術含量、高附加值的新產品，多數制藥企業產品為利潤低、污染重的仿制藥品或傳統低端產品，同品種生產企業數量眾多，產能過剩，其產業結構導致污染治理費用在產品制造成本中占有較高的比重。
雖然我國制藥工業廢水處理研究起步于上世紀70年代，這些年來，醫藥行業通過與高校、科研院所合作，不斷探索、創新，逐步建立起一套適于我國醫藥產業結構特點的制藥廢水處理工藝技術體系，目前制藥廢水處理工藝技術水平與發達國家相比沒有太大差距，但在某些專有設備及材料技術性能水平上還有一定的距離。
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